Il Sistema è gestito collegialmente attraverso diversi organi: l'Assemblea di Sistema approva i programmi annuali e pluriennali e compie le scelte più importanti;
un gruppo di lavoro tiene in contatto i referenti di tutti i Comuni con lo staff del Museo, per risolvere i tanti piccoli problemi pratici della gestione.
Un Comitato Scientifico, composto da esperti di altri Musei, della Soprintendenza per i Beni Archeologici del Veneto e delle università di Padova garantisce la serietà scientifica di ogni progetto e attività.
Assemblea di Sistema: è composta dai Sindaci o Assessori alla Cultura dei Comuni aderenti. Presidente dal 2007 è il prof. Luciano Chilese (Assessore alla Cultura di Montecchio Maggiore).
Comitato Scientifico
- Marisa Rigoni (coordinatore) - Soprintendenza per i Beni Archeologici del Veneto
- Alessandra Aspes - Museo di Storia Naturale di Verona
- Angela Ruta Serafini - Soprintendenza per i Beni Archeologici del Veneto
- Elodia Bianchin Citton - Soprintendenza per i Beni Archeologici del Veneto
- Giampaolo De Vecchi
- Paolo Mietto - Dip. Geologia, Università di Padova
Lo staff del Museo
- Roberto Ghiotto - Direttore
- Viviana Frisone - Conservatore Naturalista
- Annachiara Bruttomesso - Conservatore Archeologo
I referenti nei comuni aderenti
- Comune di Arzignano: Paolo Povoleri (Biblioteca Civica)
- Comune di Brendola: Antonella Ronzan (Biblioteca Comunale)
- Comune di Castelgomberto: Gian Pietro Zarantonello (Uff. cultura)
- Comune di Montebello: Giuseppe Bedin (Biblioteca Comunale)
- Comune di Trissino: Paola Dorantani (Biblioteca Comunale)
- Comune di Montorso: Lorella Pesavento (Biblioteca Comunale)
- Comune di Sovizzo: Daniela Meneguzzo (Uff. Segreteria)
- Comune di Zermeghedo: Franca Arimini (Biblioteca Comunale)